Будучи представителем отряда рукокрылых нильский крылан имеет настоящий летательный аппарат в виде тонких эластичных перепонок, натянутых между удлиненными передними конечностями вдоль боков и бедер к задним конечностями и хвосту. На передних конечностях первый палец имеет длинный изогнутый и острый коготь, который используется животным для лазанья. Крыланы значительно крупнее летучих мышей. Туловище животного достигает в длину около 13 — 15 см, масса тела варьируется от 90 до 160 грамм. Самцы, как правило, более крупные по сравнению с самками. Хвост очень маленький, длиной около 1 см.
Голова имеет вытянутую переднюю часть, глаза большие, ноздри разделены бороздой и имеют трубчатую форму, ушная раковина замкнута.
Окрас волосяного покрова темно-бурый с более светлым пятном на брюшке. У самцов на передней части шеи, в месте расположения запаховых кожных желез, имеются рыжевато-коричневые пятна. Шерстяной покров короткий и пушистый.
Продолжительность жизни: около 15-30 лет.